Existem diversas condições que podem causar o cisto de baker, entre elas estão:

• Lesões no joelho: a ruptura do menisco pode levar ao acúmulo de líquido sinovial. Este acúmulo de líquido sinovial pode causar o cisto de baker.
• Artrite: osteoartrite e artrite reumatoide são condições que podem aumentar a produção do líquido sinovial, favorecendo a formação do cisto de baker.
• Atividades excessivas: atividades que provocam sobrecarga na articulação do joelho, como a corrida de longa distância, podem aumentar o risco de formação do cisto de baker.